Η Μεταμόσχευση Μαλλιών με τη μέθοδο Follicular Unit Extraction (FUE) είναι η πιο σύγχρονη και τείνει να επικρατήσει, καθώς είναι ελάχιστα επεμβατική. Ωστόσο, χαρακτηρίζεται δύσκολη ως τεχνική, γι’ αυτό η εφαρμογή της απαιτεί μεγάλη εμπειρία από το γιατρό.

Τα πλεονεκτήματα της μεταμόσχευσης μαλλιών FUE, εκτός του ότι γίνεται με τοπική αναισθησία και προκαλεί από ελάχιστη ως πολύ περιορισμένη αιμορραγία, είναι ότι δεν αφήνει ορατές ουλές ή σημάδια, δεν απαιτεί ράμματα, επιτρέπει τη λήψη τριχοθυλακίων από διάφορες περιοχές του σώματος (στήθος, γένια,κ.α.) και ο πόνος μετά τη συνεδρία είναι απόλυτα ανεκτός.

Με τη μέθοδο FUE ο γιατρός μπορεί να υπολογίσει με ακρίβεια τον αριθμό των τριχοθυλακίων που χρειάζεται και να τα πάρει ομοιόμορφα από τη δότρια περιοχή. Τέλος, η μέθοδος επιτρέπει τη μεταμόσχευση τριχών και σε μικρές περιοχές, όπως είναι τα φρύδια.